在奇迹SF的剧情架构中，命令剧情分支的设计遵循「Flag计数」与「关键节点选择」双重判定原则。游戏通过第三章和第五章的特定关卡作为核心分歧点，其中第三章的「変わり者、募集中」与第五章的「ソルトロード」分别对应B路线和C路线的触发钥匙。若玩家未达成任一条件，系统将默认进入基础结局A。这种设计需要玩家在中期就规划好感度培养方向，因为角色对话选项会直接影响Flag的积累速度。
好感度阈值的存在让决策更具策略性——例如当玩家选择「夜盗を追え！」任务时，会同步提升某刺客系角色的信任值，而「輸送船襲撃作戦」则关联着海军将领的忠诚度。建议在第四章前将核心角色好感度提升至80%以上，才能解锁隐藏剧情选项。
游戏中的B路线侧重王国正统叙事，需要优先完成「貴族の心、そして」「庇护の対価」等带有贵族徽章标识的任务；C路线则强调革命军视角，需专注「奪う者、奪われる物」「帝国の生み出したモノ」系列任务。值得注意的是，「戦士達の休息」这类中立任务虽然不改变阵营倾向，却是提升全员好感度的黄金机会。
好感度阈值在此阶段产生微妙的杠杆效应——当玩家同时满足B、C路线的Flag数量时，系统会检测角色阵营好感度差值。若某阵营核心角色（如B路线的宫廷法师或C路线的起义军领袖）好感度领先15点以上，即便Flag数量相同也会触发该阵营结局。这种设计避免了纯粹的任务计数弊端，赋予角色培养实际战略价值。
达成真结局需要精密的多线操作：首先必须在第六章前完成所有「エミリオ觉醒」事件链，这意味着需要在第三章选择「変わり者、募集中」时携带特定道具「贤者之瞳」。此道具的获取与炼金术士角色的好感度直接相关——当该角色信任值达到90时，会在「帝国軍事演習」任务中赠予关键物品。
更复杂的是时间轴管理，玩家需在第五章结束时保留至少3次存档覆盖权限。系统会检测最近三次主线决策的一致性，若出现阵营摇摆（如连续选择B路线任务后突然转向C路线），即使Flag数量达标也会强制进入A结局。这种动态平衡机制要求玩家必须保持明确的剧情走向规划。
游戏采用三级好感度阈值设计：60%解锁角色专属支线，80%激活阵营特殊技能，100%触发命运抉择事件。但需注意「溢出值」的转化规则——当某角色好感度超过100%时，溢出部分会按1:0.3比例增强其所属阵营的全局影响力。这意味着专注培养单个角色可能比均衡发展更易突破阵营Flag的数值瓶颈。
实践案例显示，将革命军医师的好感度堆叠至130%时，即便C路线Flag比B路线少1个，仍能通过「阵营影响力补偿机制」强行进入C结局。这种设计既保证了多结局的可能性，又赋予深度培养单一角色的战术意义。
二周目开启的「因果律之书」系统允许玩家保留70%的好感度基准值和关键道具。此时新增的「命运分歧预测」功能可实时显示每个选项对Flag计数和阵营倾向的影响值，建议在此阶段尝试「双必要关卡选择」——即同时激活第三章和第五章的核心关卡，通过极限操作达成Flag绝对平衡，从而解锁开发者隐藏的「悖论结局」。
速通玩家可借助「火の粉は集い、大火へと」任务的时间压缩特性，在完成该任务后的72小时游戏时间内，所有好感度提升速度×3。配合「物欲のなせる罠」任务奖励的「时之沙漏」，能在单周目内达成全员好感度MAX的奇迹状态，这种状态下将无视Flag计数直接进入特殊统合结局。